Dies manifestierte sich in Filmen wie „E.T.“ und „Krieg der Welten“, aber auch in Filmen wie „A.I.“ und sogar in „Indiana Jones und das Königreich des Kristallschädels“, in denen außerirdische oder alienartige Wesen eine Rolle spielen. Sein erstes großes Abenteuer in die Welt der Aliens war jedoch „Unheimliche Begegnung der dritten Art“, ein Film, der nach seinem Durchbruch mit „Der weiße Hai“ veröffentlicht wurde.

In „Unheimliche Begegnung der dritten Art“ folgen wir der Geschichte von Roy Neary, gespielt von Richard Dreyfuss, einem Kleinstädter, der eines Nachts eine unerklärliche Erscheinung am Himmel beobachtet. Diese Begegnung führt zu einer Obsession, die sein Leben verändert, als er herausfindet, dass diese Visionen mit einer bevorstehenden außerirdischen Begegnung am Devils Tower in Wyoming zusammenhängen.

Obwohl „Unheimliche Begegnung der dritten Art“ sowohl kommerziell als auch kritisch ein großer Erfolg war, blieb Spielberg mit dem Film unzufrieden. In einem Interview, das in der DVD-Collector's-Edition des Films zu finden ist, schildert Spielberg, wie er vom Studio unter Druck gesetzt wurde, den Film für einen Weihnachtsveröffentlichungstermin fertigzustellen.

Er hatte gehofft, mehr Zeit zu haben, um den Film nach seinen Vorstellungen zu vollenden, aber das Studio bestand auf einem früheren Veröffentlichungstermin. Steven Spielberg: „Ich habe versucht, Columbia Pictures dazu zu bringen, mich den Film so fertigstellen zu lassen, wie ich es wollte, aber sie haben darauf bestanden, dass der Film zu Weihnachten herauskommt […]

Ich hatte gehofft, den Film im darauffolgenden Sommer herausbringen zu können, aber sie sagten: ,Unsere ganze Firma steht auf dem Spiel, wir alle zählen auf diesen Film.' Ich hatte also keine andere Wahl.“

Diese Unzufriedenheit führte dazu, dass Spielberg Jahre später einen Director's Cut anfertigen durfte, allerdings unter der Bedingung des Studios, das Innere des Mutterschiffs zu zeigen – ein Aspekt, den Spielberg ursprünglich geheim halten wollte. Er gab nach, was er später bedauerte, da er fand, dass dies immer ein Geheimnis hätte bleiben sollen. Steven Spielberg:

„Nach dem Erfolg des Films kehrte ich anderthalb Jahre später zu Columbia zurück und sagte: ,Jetzt lasst mich den Film so fertigstellen, wie ich es immer vorhatte. Ich möchte bestimmte Szenen neu schneiden und mehr Sequenzen drehen. […] Sie antworteten mir: ,Wir geben dir das Geld, wenn du das Innere des Mutterschiffs zeigst. Gib uns etwas, woran wir eine Kampagne aufhängen können.' […] Ich ging einen Kompromiss ein und ließ Richard Dreyfuss ins Innere des Mutterschiffs gehen. […] Das hätte ich nie tun sollen, denn das hätte immer ein Geheimnis bleiben müssen.“

In der finalen Schnittfassung von 1998 entfernte Spielberg diese Szene wieder, und heute existieren mehrere Versionen des Films.